Říční tepnou Hejčína je Mlýnský potok. Ten tvoří hranici mezi jižní, zastavěnou částí katastru a severní částí, jež je volnou krajinou a zároveň vymezenou záplavovou zónou. Mlýnský potok je pravostranným bočním ramenem Moravy, jež odbočuje ze své mateřské řeky na jezu v Hynkově a vlévá se do ní zpět v Olomouci - Nových Sadech. Již v minulosti sloužil „Mlýňák“ jako náhon, na kterém stávala řada vodních mlýnů, z nichž jeden také v Hejčíně (do současnosti se nedochoval). Dnes nahrazují mlýny vodní elektrárny, kvůli kterým je průtok vody v Mlýnském potoce regulován. V létě zde často protéká více vody než v samotné Moravě. V minulosti protékal Mlýnský potok Hejčínem v klikaté, meandrující trase. Bohužel v 60. letech minulého století zde bylo jeho koryto necitlivě napřímeno a v březích opevněno betonovou dlažbou. Dnes tok připomíná spíše umělý kanál, který esteticky zachraňuje pouze velmi hodnotný břehový doprovod (olše, vrby a řada dalších druhů stromů a keřů).
Původní ráz Mlýnského potoka se dodnes dochoval výše proti proudu, v úseku protékajícím přírodní rezervací Plané loučky.